http://mugendoteita.main.jp/DotoEita/02_Suploda/hokan/file196.bmp

ちょっとお借りして試してみました。↑こういう状況ですよね
とりあえず9000番スプライトの登録位置を最初に持ってきましょう。
大ポトレは表示ＯＫですが変な箇所が透過してるので元画像の色の位置をいじる必要がありますね。
小ポトレのほうは本体とパレットが共有されてないのが原因みたいですね。ＡＣＴファイルが適応されるので本体とパレットを同じにしましょう。

初心者なんで説明がイマイチかもしれませんが、自分もこの辺りで泣きを見たので・・・パレットとかＡＣＴ関係は最初に一番つまり易いところじゃないですかね。

パレットの0番は基本透過色に設定されているのです。
なので、そこに該当する色をおかないかそこにあらかじめ透過色を指定しておく必要があるのです。
http://mugendoteita.main.jp/DotoEita/02_Suploda/hokan/file197.jpg
この通りの位置が透過してしまっていると思うので、パレットを弄ればいいと思われます。

と…これは大ポートレイトの気になった部分ですね。
本題から外れてしまいました。

小ポートレイトに関してはkasaharaさんの言うとおりかと思われます。尚、独自パレットと言う事なのでカラーチェンジしても小ポートレイトの色を変えたくない場合は、それだけ別個のパレットを準備してactファイルに登録しておく必要があるかもです。

大雑把に1-16番は本体、200-216が小ポートレイトのパレットという風に、でしょうか？

>>kasaharaさん、おりりんさん
詳しく説明してくださってありがとうございます。
大ポトレの方は透過色のことを忘れていたのですね、初歩的なことで手を煩わせて申し訳ありません。
小ポトレの方も登録位置を最初に持っていって、パレットを他のと同じにして、共有化すればきちんと表示されました。
もう少し頑張ってみたいと思います。