考え中さんの仰る「違和感」はどういうものでしょうか？
個人的にはそれ程悪いドットには見えませんが・・・。

とりあえずPSP格ゲーの御坂さんがいたので貼っておきます
http://www.youtube.com/watch?v=-Cf0IRbyMRs

ドット自体は良い感じだと思いますよ。
私が思うに違和感というのが表情がおとなし過ぎるのが原因ではないのでしょうか？
強気なイメージがあるので、強気を表現する、ーとか^の様な口にしたり、
他にはもう少し釣り目にするとかどうでしょうか？
結構口の形を変える事で結構表情が豊かになると思いますよ。
後、Google先生で「御坂美琴　画像」で検索すると一番上画像集がに出てくるので参考になるかも。

妹っぽかったり目が死んでるように見えるのはジト目っぽいからではないでしょうか、目をもう少しパッチリさせて眉を上げるだけでもだいぶ表情が変わると思います。

色の明るさに関しては、髪・シャツ・ソックスの色がちょっと暗い気がします。
パーツが暗いと全体の印象も暗くなってしまうのでもっと明るい色でもいいかなと
あと、顔の大きさは特に気になりませんでした。

参考になるかわかりませんが改変+パレットを少し弄ってみました。アニメを見たこと無いので適当に見つけたキャプチャ画像から色をとって少ない色でもメリハリがでるようにしてみました。2階調のアニメっぽい色だと暗い階調のところはけっこう暗めにしたほうがいいかも？
http://mugendoteita.main.jp/DotoEita/02_Suploda/hokan/file199.gif
左の二つは改変とパレット変更したものです。

>>ふうりんさん
おもしろうそうなゲームですね。
いろいろ参考になりました。
>>namelessさん
口の形はよくわかんなかったので適当にしてました。
そのあたりもう少し勉強してみます。
>>梅雨咲さん
動画の方でもジト目っぽいとコメントされてる方がいて
直してみたんですけど難しいですね。
>>Gororiさん
パレットはもう誰かにやってほしいくらいに迷ってまして
かなり参考になりました。
>>みなさん
どうもありがとうございました。