こっちでもやった事があるんですが、パレットが原因の可能性もあり。
ここからは長いんで、最後の部分だけ読んでも良いです。
キャラのカラーを決めているファイルはACTファイル(以下ACT)と言い、
ファイルの拡張子[.act]で表されます。
ACTには16×16の箱があり、その箱一つ一つに色が登録されており、
mugen上ではその箱に登録された色を使ってキャラを表現しています。
edgeで作った場合は、カラーパレットの並びがACTに該当します。
この箱の位置は固定された位置のものを使っているため、製作時に
使っていた色付きの箱の位置をACTでも揃える必要があります。
分かりにくい場合、ジグソーパズルを思い浮かべてください。
同じ形、大きさのピースがあっても、それを正しい位置に入れないと、
すべてピースをはめた後の絵はぐちゃぐちゃになっています。
つまり、そういうことです。
なので、例えば教材用カンフーマン(以下kfm)の差し替えで作った場合は
@キャラのドットを打つ。
Akfmと画像を差し替える。
BkfmのACTを製作したキャラに該当するものに差し替える。
C差し替えたACTに該当するカラー(1P,2Pカラーと言われる)で見る。
ACTの差し替えはググればすぐに見つかると思います。