目が周囲と比べると浮いてますね。
瞳の輪郭まで黒で描いてしまっているのと、パレットが基本的にキャプチャ画像のままなのか目以外の主線の色合いが離れているのが原因かと。

パレットを整理して、明暗のグラデーションを3〜4色くらいに絞った方が作業もしやすいと思います。
もし2Pカラーなどを作る予定がある場合、カラーに対応させる画像のパレットを統一する必要があるので、現段階では必要ない口の中の色や帯（緑色）＆着物（薄黄色）の影の色も今のうちに用意する必要があります。

パレットの編集はドット絵を描くのに特化したソフト（EDGEやGraphicsGaleなど）が便利だと思います。

> 追記
少し分かりづらかったようなので、分かりやすいようにEDのデフォルメverをトレス（下のレイヤーに置いて上からなぞる）したものを右に置いた画像を使って説明します。
http://i.imgur.com/3JyvZa6.png
左（はくしゃくさんの描いた方）にはまだキャプチャ画像のままの色が混ざっているので、言い方は悪いですが汚い状態になってしまっています。
右は絵の横に並べている31色以外を使わず描いているのと、2Pカラーなどが作りやすいように系統の近い色（髪と羽織、着物と羽織紐）でも別の色を用意しています。

色合いはアニメ版の設定に近づけるよう調整してますが特に意味はありません。
ただ、好みの部分かもしれませんが主線は多少濃い方が良いかと（明るい部分に接している主線は影色で引く場合もあります）。

まさかのマリーさんw
雰囲気やボディバランスは素晴らしいと思いますので、頑張って完成させてくださいね！応援してます！