前も言われてた気がしますが明らかに改変元のドットの基本ピクセルとサイズが違うようなのでそこから合わせることが第一歩かと
具体的に言うと、改変元の両儀式の髪や顔の一つあたりの■のサイズと脚に使われている■のサイズがぜんぜん違うというあたりです

 まずはドット絵を描くためのツールを入手しましょう。EDGEがオススメです。ttp://takabosoft.com/edge2
 これを使ってその画像を開いて下さい。その後、「イメージ」タブから「拡大縮小」を選択、「倍率指定」の数字をいじって「画像を縮小」して下さい。
頭と足先がペイントで描いた服等に比べて「四角が並んでいる」かんじになっていますよね？ この「四角」が1ドット分になるサイズにして下さい。

ありがとうございます。　ダウンロードしてみましたが、足先のドットと全体が同じ大きさになるサイズがよく分かりません……。　　

ドットを打つ過程で大きさの変更をしているようなので、もともとの式の画像があったらそれに照らし合わせる形で縮小をかけてみればよいかと。
式のドットの大きさが正しいドットの大きさです。

なお、縮小を描けるときは流子のほうのドットのみ範囲指定し「イメージ」から「拡大縮小」を掛けてください。
そのまま縮小しようとすると全体が縮小しますゆえ。

すいません……縮小の意味が分かりません。式のに合わせるならむしろ拡大なような気がするんですが……。

どこをどう操作すればいいのかさっぱりわかりません。

連レス気味になって申し訳ないですが
んーと、式のドットって元々サイズどれぐらいですか？

どこを見ればいいのかわかりませんが、多分７７x９９だと思います。(拡大縮小を押して何もいじってないのが77x99なんで)　ちなみに、流子の(足も全部合わせたサイズ)は253x399です。　流子の改造部分(顔と足先以外)を選択して小さくすると、顔と足だけでかいまま残ることになると思うんですが……。

とりあえずＤ0で作るのかＤ4で作るのかで変わってくると思うのですが、Ｄ0（いわゆるメルブラ、ＫＯＦ）であれば元の式のドットを横に並べて同じサイズになるように流子全体を縮小してください。
縮小した上で打ち直す形になるかなと思います。

※所用のため何かありましたら夜中以降の反応になります

そのサイズですと33%くらいに縮小をかければおおよそ元のドット絵の規格になってくれるとは思います。
ただ、この画像どうやら一度jpegで保存してしまったようで、使用色がフルカラーになった上にドットが滲んでしまっています。
一応33%縮小をかけたものを貼っておきますが、滲んだものを修正する手間を考えるとおそらく式の画像を拡大かけずにもう一度描いた方が速いと思います。

http://mugendoteita.main.jp/Suploda/uploda/src/file1004.png

もう一つ、アップロードする時の注意を
サイズを元のドット絵の200%に拡大したものは50%に縮小すればもとに戻りますが、300%に拡大してしまうと元に戻すには33.333333・・・%に縮小することになりこれでは元の100%にはならず必ず欠損が出てしまいます。
絵板に上げる時はD0だと小さすぎて見づらいため拡大してアップロードすることが多くなると思いますが、添削してもらったり、自分で誤って拡大したものを保存してしまったときのために拡大するときは2倍や4倍あたりにしておく方が無難です。