ドットの大きさは統一したほうが良いよ
ドット絵打つ用のソフトとか準備しておくとなお良いよ(私はEDGE派なのでEDGEを薦めます)
http://takabosoft.com/edge

私はGIMPを薦めます。フリーソフトだし

とりあえず、陰影の前に拡大する前のサイズで描画しましょう。

ドット絵に適したフリーソフトだと「EDGE」と「GraphicsGale」が有名どころですね。
どちらにも機能拡張された有料版がありますが、フリー版でも不足はありません。
「GIMP」は普通のイラストを描くのにも使えるフリーソフトです。
上記2つと比べると「ドット絵に適した」ではなく「ドット絵も描ける」ものですが、そのぶん多機能ではあります。
それぞれ優劣ありますし、これら以外も含めて自分に合ったソフトを探してみてください。

今まで、ペ、ペイントでやってきたなんて……言えない……。　専用のソフトがあったんですね……